Flächenmäßig erstreckt sich der Nationalpark landseitig auf die Landzunge Cape Mclear sowie die Bucht und die ersten 100 m des küstennahen Gewässers. Ebenso zählen 12 vorgelagerte Inseln zu dem Nationalpark. Die Habitate reichen von felsigen Küstenregionen über Sandstrände hin zu bewaldeten Berghängen und sumpfigen Lagunen. Der See liegt etwa 470m über dem Meeresspiegel und die höchste Erhebung auf der Halbinsel Mclear befindet sich 1.140 m über dem Meeresspiegel.
Das Wasser des Sees ist glasklar wobei der Wasserstand jahreszeitlich bedingt schwankt. Der Malawisee erreicht eine maximale Tiefe von 700 m und zählt damit zu den tiefsten Seen der Welt und an seinem Grund erstreckt sich ein Ausläufer des afrikanischen Grabenbruchs.
Landseitig wurde das Landschaftsbild in der Vergangenheit durch Rodungen stark verändert. Ursprünglich wuchsen hier vor allem Baobab-Bäume und der Boden war von Gras und Wildblumen bedeckt. Heute besteht die Bepflanzung hauptsächlich aus Johannisbrotbäumen und Büschen. Der Boden ist steinig und verfügt nur über einen geringen Nährstoffgehalt.
Der Malawisee ist mit geschätzten 1000 unterschiedlichsten Fischarten der artenreichste See der Welt. Die meisten dieser Fischarten kommen ausschließlich hier vor. Dieser Fischreichtum sorgt für eine farbenprächtige Unterwasserwelt, die einem Aquarium gleicht.
An Säugetieren kommen hier Flusspferde vor (besonders in der Monkey Bucht), Ducker Antilopen, Paviane, Buschschweine und gelegentlich Elefanten. Der Nationalpark bietet eine reichhaltige Vogelwelt unter denen der Seeadler besonders hervorsticht. Auf den vorgelagerten Inseln haben Kormorane ihr Brutrevier, deren Zahl in die Tausende geht.
Archäologisch lassen sich die ersten Spuren der Menschen bis in die Eisenzeit zurückverfolgen später war Cape Maclear ein wichtiges Zentrum des Sklaven- und Elfenbeinhandels. In der jüngeren Zeit spielte die Errichtung der Livingston Mission eine wichtige Rolle.
Die beste Reisezeit ist während der Trockenperiode von April bis November.
