Touristische Hauptattraktion ist das Ökosystem um Kaniyo Pabidi und Busingiro. Kaniyo Pabidi liegt geografisch innerhalb der Grenzen zum Murchison Falls Nationalpark. Das Gebiet umfasst einen 115 km großen Landstrich außerhalb des Budongo Waldes. Seine Abgeschiedenheit dient wilden Tieren wie Löwen, Leoparden und Afrikanischen Büffeln gelentlich als Rückzugsort. Am frühen Morgen kann man die Tiere am besten dabei beobachten, wenn sie das Salz aus den seichten Waldtümpeln auflecken. Auch das Wasser des Waiga Flusses bietet den Tieren des Waldes eine kühle Erfrischung.
Im westlichen Teil Ugandas nahe Masindi besteht das Ökosystem des Budongo Forest Reserve aus einem Halbregenwald. Mit einem Gebiet von 435 Quadratkilometern weist Budongo auch weitere Landschaftsformen auf: Wälder, Savannen und Flusssümpfe. Das Gebiet gilt als eines der bedeutendsten Ökosysteme für Vögel in Uganda. Die Baumbestände werden mit dem Wasser aus vier kleinen Flüssen versorgt, dem Sonso, Waisoke, Wake und Bubwa, die zum Lake Albert fließen.
Das Budongo Forest Reserve lässt sich in drei wichtige Ökosysteme unterteilen, die den dort lebenden Schimpansen und anderen Tieren Schutz und Lebensraum bieten. Das Gebiet um Sonso liegt an den Ufern des Sonso Flusses und beheimatet um die 53 Schimpansenfamilien, die nicht von Touristen besucht werden können, aber von Tierforschern beobachtet werden. In Busingiro und Kaniyo Pabidi leben habituierte (an Menschen gewöhnte) Schimpansenfamilien, die man auf Trekkingtouren hervorragend beobachten und besuchen kann.
Neben den Schimpansen leben in Budongo auch um die 280 Arten an seltenen Vögeln, die das Herz von Ornithologen höher schlagen lassen. Mit ihren Mahagonibäumen ist die Umgebung aber vor allem ein einzigartiger und schützenswerter Lebensraum für die über 600 Schimpansen, die hier leben.
